Brain Memo ブレメモ: 2011

2011年12月9日金曜日

Mac OS を英語環境にしたらアプリ文字化け→解決

英語苦手って前回書きましたが、一念発起、Lionの基本言語を英語にしました。
環境設定の言語から出来ます。

で、しばらくイイ気になって使ってたんですが、Illustrator CS5を起動したときにエラーが表示され、メニューが？に文字化けしてしまいました。

ぐぐってみると日本語版のOSを英語環境にして、そこで日本語版アプリケーションを起動したときに起こることがあるようです。
ちなみに僕の環境では Photoshop CS5では起こりませんでした。

解決策を調べると、下記の方法がうまくいきました。感謝！！
Mac版illustrator CS5 + システムの言語が英語の時に正常に起動しない件 - Playground of Mine

OSX 10.6以降では、通常の設定変更等では解決できなくなっているようで、Language Switcher.appというアプリケーションを利用することになります。
Language Switcher

2011年12月7日水曜日

Macで論文をまとめる文献管理ツール

論文をまとめたり、引用を作ったり、面倒ですよね。
そこらへんのメンドクサイことはどうにかササッとやってしまいたい。

ということで、お勧めの文献管理アプリケーションをあげます。
タイトルではMacと書きましたが、どれもWindows、Mac両方で使えます。

2013年11月13日追記
調べた範囲で各ツールの違いをまとめてみました。readcubeの設計は他２つと異なるようなので機能的には劣っているように見えますが、「論文を探して読む」ということだけに関しては優れていると思います。意外と（？）TogoDoc Clientも健闘しています。

	Mendeley	readcube	TogoDoc Client
ウェブブラウザからのインポート（ブックマークレットの有無）	◯	◯	×
ウェブ版の有無	◯	◯	×
ローカルアプリケーションからの論文検索	△^*1	◯	×
同業者グループのコミュニケーション	△^*2	×	×
Recommendation機能（Related Articlesとは別）	×	◯	◯
PDFファイルのリネーム	◯	×	◯
論文情報の修正	◯	×	◯
iOSアプリ	◯	×	◯

^*1 Mendeleyに登録されている論文は検索可能。どのような論文が登録されているかは未調査ですが Google Scholar, Pubmed, Microsoft Academic にアクセスできるreadcubeには敵わないように思います。
^*2 自由度の高いコミュニケーションではなく、論文ベースの情報共有といった感じです。

以下、それぞれの説明です。

1．Mendeley - 科学の未来はMendeleyが担う（かも）

http://www.mendeley.com/
~~現状、もっとも良さそうなツールです。~~
文献管理はけっこう既に色々あって、ローカルに保存してるPDFとかをインポートして自動的に解析し情報をまとめてくれたりするんですが、そんなことはもちろんMendeleyでも出来ます。
Mendeleyが素敵なのは、ある論文についてソーシャルネットワークサービスのような仕組みを使ってウェブ上で研究者同士でコメントしたりできる点です。（追記：これは間違いではないのですが、どうも私の勘違いも多分にありまして、自由度の高いコミュニケーションではなかったようです。グループを作ってPDFをベースにして論文情報や注釈を共有することができる程度です。PDFに付加するコメントがベースなので深いディスカッションができるかどうか…。どちらかと言えば、音楽で「みんな何聴いてる？」というのが分かるサービスに似ています。つまり、Mendeleyは専門領域が近い研究者たちがどんな論文を読んでいるのかが分かるサービスを兼ね備えた文献管理ツールです。）

Mendeleyの取り組みについてはWIREDで物語風に紹介されています。
News Long Story Wireless Social Media Clip to Evernote top - Business - Long Story 知のシェア – 学術論文における理論と実践(その1) from 『WIRED』VOL.2
2011年12月8日現在Vol.3まで読めますが、読みごたえがありつつ、Mendeleyの取り組みの先見性には驚きます。
正直、これを世界中の研究者が使い始めたらおそらくもっと科学の発展するスピードは早くなるでしょう。だって、これまである文献について何か考えても、ラボメンバー以外の誰かとディスカッションしたくてもなかなか出来ませんでしたからね。話したことのない同業者とコミュニケーションをとれる（かもしれない）ツールがあるのは素晴らしいです。おそらく、これまでの研究者だけのSNSや掲示板等の小規模のウェブコミュニティはありましたが、文献と密接に連携したサービスはこれが初めてです。研究はやはり論文がベース。Mendeleyは科学者同士のコミュニケーションを一変させる可能性を秘めています。
使い方を日本語で説明していただいているサイトがありました。感謝です。
Mendeleyの使い方 from 水の中が落ち着く

（2013年1月16日追記）
筑波大学のサイトにかなり詳細な日本語マニュアルがありました。
http://library.k.tsukuba-tech.ac.jp/ori/Mendeley.pdf

なお、Mendeleyは次のreadcubeやTogoDoc Clientのようなrecommendation機能はありません。ブラウザからmendeley.comに行って、mendeleyに保存されているPaperであればRelated Papersは表示されますが、これはひとつの論文ごとに表示されますから自分のライブラリに照らし合わせて網羅してくれる訳ではありません。また、アプリケーション内からはRelated Papersも表示されません。
またPDFも多くはウェブから自分でダウンロードして、それをアプリケーションに追加する操作をしなければなりません。中には自動的にダウンロードしてくれる場合もあるのですが。ウェブサイト側の形式によるのでしょう。readcubeならほとんどワンクリックでダウンロードできるのにな…。

（2013年11月13日追記）
論文中心のコミュニケーション、という意味では（まだ調査が必要ですが）ResearchGateやAcademia.eduなどが十分にその役目を果たしそうです。文献管理ツールにSNS的要素が必要なのかどうか…Mendeleyの挑戦には期待しつつも、やはりSNSはSNSのみで成立するような気もしています。

２．readcube - グッドデザイン賞（個人的）

http://www.readcube.com/
Nature Publishing Group（NPG）との提携もあり、出てきたばかりなのに既に「スタンダード」になりそうなツールです。ネット上でも「キラーアプリになるか」と言われているようです。
デザインが秀逸で、ほとんど操作がわからないという瞬間がありません。よく考えられたインターフェースです。
文献検索（PubMed, Google Scholar）もアプリ内で可能で、取り込みも一発。MendeleyのようなSNS的機能はありませんが、そんなのなくて良いという人には最上の選択肢でしょう。

（2013年1月16日追記）論文執筆の際に必要なCitationのエクスポートがEndnote, BibTex, RefManだけになっており、単純にテキストで吐き出すことができません。なんでだろう…。

（2013年11月13日追記）私の思い違いもあって「Mendeleyがベスト！」みたいな書き方になってましたが振り返ってみるとそうでもなかったので一長一短ですね。結局、Mendeleyは同業者が読んでいる論文が個人ベースで分かるサービス、readcubeはアルゴリズム的に関連論文を推薦してくれるサービス、ということでしょうか。人か機械か、という二分は極端かな、でもそんな印象です。もしかしたらreadcubeの推薦機能も人手なのかもしれないけど。あまりそのあたりは詳しくないので漠然とした言い方ですが。

３．TogoDoc Client - 国産のメリット

http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
これは僕がアルバイトしてるDBCLSで作られたものです。パッと見は上2つに劣りそうなんですが、機能的にはほぼ同じことができます。
一番の強みは、日本語であることです。・・・まぁ英語苦手な僕にとっては、ですね。
それと、iPhoneアプリがあります。（Mendeleyにもありますが、readcubeにはiPhoneアプリはありません）
あまり時間をかけたくない文献管理には、日本語であることが意外と一番のメリットかもしれません。

それにしても5年前とかにはこんなアプリケーションなんて1つもなかったのに、ほんと便利になりましたね。EndNoteとかどこ行ったんだ…。いや、今でも多分シェアはトップだろうとは思いますが、上記のようなアプリ／ツールに取って代わるのは時間の問題だと思います。

2011年10月23日日曜日

Arduino + Xbee でLED点灯

最近Arduinoで遊んでいます。

で、手始めにXbee経由でLED点灯実験をしてみました。
XBeeとは無線で信号を送受信できるもので、これを使って何かしらのデータをワイヤレス通信できたら面白いですよね。
ちなみに私のPC環境はMacbook Proです。

使用したものはこちら。

1 x Arduino Duemilanove
2 x XBee シリーズ1 / チップアンテナ型 × 2（送信、受信）
1 x Xbee Shield (Sparkfun)
Arduinoから出されているXBee Shieldと基本的には同じはずですが、今回はSparkfun製のものを使用しています。受信側に使います。
1 x Xbee Explorer Dongle (Sparkfun)
これはXbee Explorer USBでも代替可能です。USBコネクタの形が異なるだけです。送信側に使います。
2 x 6-pin stackable headers
2 x 8-pin stackable headers
1 x LED

手順を説明します。

Arduinoインストール
まず基本ですね。
Arduino Download http://arduino.cc/en/Main/Software
XBeeConfigToolインストール
これでXBeeの設定を行います。
funnelのサイトの→ funnel-1.0-r801.zipに入ってます。
XBee Assembly Guid に従って、Sparkfun XBee Shieldを組み立てます。英語で長々と書いてありますが、やってることはハンダで6もしくは8ピンヘッダーをシールドに付けてるだけです。
XBeeの設定
XBee Explorer に XBee を装着しパソコンに接続します。XBeeConfigToolを立ち上げると次のような画面になります。（ここではver1.0を使用しています。）

送信側XBeeの設定
Mode => End Devices
Baud Rate => 57600 (for ATmega328)
　※ここの数字は後でシリアル通信時に重要です。
PAN ID => 1234（初期設定）　
　※4桁の数字であれば何でもいいですが、受信側と一致させます。
MY ID => 0001（初期設定）
　※このままで構いません。
以上を確認して、「Configure」をクリックしてしばらく待つと「Configured Successfully」と表示されます。完了です。
分かりやすいように、設定したXBeeにラベルをつけて、受信側XBeeに差し替えます。
受信側XBeeの設定
Mode => Coordinator
Baud Rate => 57600 (for ATmega328)
PAN ID => 1234 ※送信側と一致させます。
「Configure」をクリックして成功の表示が出れば完了です。こちらも分かりやすいようにラベルを付けておくと良いかもしれません。

Arduinoの設定
XBee Explorer Dongleをパソコンから取り外し、XBee Shield を『つけないで』Arduino Duemilanove をパソコンに接続します。
1. Arduinoを起動
2. プログラムをアップロード
  
  コードは以下のページの「受信側Arduinoのプログラム」を利用させていただきました。
  建築発明工作ゼミ2008: Arduino+Xbee Shield/Processing+XBee Explorer USB
  このプログラムを入力して、「Upload」をクリックします。チカチカとボードのLEDが光って、しばらくすると「Done Uploading」と表示されればOKです。
  ※もしここで何かエラーが出るようなら、Tools > Board と Tools > Serial Port を確認して下さい。
  今回の場合は、Board => Duemilanove or Nano w/ ATmega328、Serial Port => tty.usbserial*** もしくは cu.usbserial*** です（試してみてうまく行くポートを選んでください）。
完了したらArduinoをパソコンから取り外します。
ArduinoにXBeeシールド（受信側XBeeセット済）を装着します。これを電源に接続します。Arduino Duemilanove は5Vで動作します。XBeeは基本3.3Vで動作しますが、シールドを付けているので、5V電源で問題ありません。今回はUSBから電源供給したので、 iPhone の充電アダプターを使用しました。便利です。
パソコンからの電源供給でも問題ないと思いますが、何かと通信して余計な邪魔になりそうな気がしたので今回はしていません。
受信側XBeeシールドの13番ピンにLEDを付けます。
送信側XBeeをXBee Explorerに装着して、パソコンに接続します
Arduinoを起動し、Tools > Serial Monitor を立ち上げます。
最初は右下の通信速度が「9600 baud」になっているはずですが、「4.XBeeの設定」で説明したように「57600」でXBeeが設定されていますので、それと合わせる必要があります（実はこれに気づかずにかなり悩んでました…）。Serial Monitorの上部の枠で「H」と入力してEnterするか、「Send」をクリックします。

するとシリアル通信でHという文字が送信側XBeeに送られ、それがワイヤレスで受信側XBeeに渡ります。受信側ではHが来たら13番ピンをHIGHにするというプログラムが書かれているので、13番ピンのLEDが光るはずです。「L」を送信するとLEDが消灯します。

手前が受信側、奥のMacbookに接続しているのが送信側です。

今回は、さらに上記の建築発明工作ゼミ様にある、このHとLの送信を、マウスのプレス／リリースで制御するというのを真似してみました。これはProcessingで行います。送信側XBeeはArduinoではないですからね。

結果は以下の動画です（なぜか画面キャプチャが上下逆になってますね笑。動画自体は正しく表示されます）。
マウスをクリックするとLEDが点灯し、離すと消灯します。建築発明工作ゼミ様に感謝です。

2011年10月18日火曜日

au版 iPhone 4S を購入してアクチベーションした

iPhone 4Sがやっと手に入りました！
14日の発売から4日間…。毎日ヨドバシカメラの予約番号が回ってこないか確認してました…。
ちなみに 32GB Black です。

さて、念願のiPhone ですが、購入時に店頭でアクチベーションをしてもらいませんでした。Softbankはどうか知りませんが、少なくともヨドバシカメラAkibaのauカウンターでは通常、スタッフにやってもらうようです。
でもそこは自分でもできる、上に、やっぱり自分で最初の開封からしたい！ということで「自分でやります」と伝えました。
（スタッフにやってもらうと、当然開封されてしまいます）

SIMカードの挿入、アクチベーションは特に難しいことはありませんでしたが、一応記録しておきます。

開封
付属のピンを右側面の穴に、SIMカードのトレイが出てくるまでグイと差し込みます
出てきたトレイにSIMカードを載せ、再びトレイを戻します
（電源オフのまま）付属のUSBケーブルでパソコンに接続すると、iTunesが自動的に起動します。ここでWi-Fiにつながっていると言語、位置情報などの設定をします。
iTunesにもいくつかの設定項目が表示されているはずです
さらにiCloudなどの設定をiPhoneから行えばまずは基本的な使用ができます！
さらにauで機種変した場合は、以下の設定が必要です
1. 前に使っていたケータイ・スマートフォンから連絡先を移す
2. ezwebのメールを使えるようにする
その詳細な方法はauのサイト（PDF）に載っています
ちなみにezwebメールの設定ですが、私はやってみたものの現在受信できません…。最初の「メッセージ」の送信を何度かやったのがまずかったのか、また明日やってみます。
以上で終わりです！

いまはあれこれと遊んでいます。
Siri、最高に面白いですね。
映画ではAIと話すというのはよく見ますが、実際体験するのは初めてです。もちろん自分で思考するわけではないのでまだ本物とは言えないでしょうが…。未来に来たな〜と思いました。

2011年10月17日月曜日

[牧場作業ログ] インターフェース提案

これまでの動画作成から変わって、サイトのインターフェース提案をするようになりました。
現状のサイトに対してダメ出し（笑）、改善提案をしています。

いまは２つ抱えています。

RefEx http://refex.dbcls.jp/
（引用）RefEx（Reference Expression dataset）は、ヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データのリファレンスデータセットです。EST、GeneChip、CAGE、RNA- seq の4種類の異なる手法によって得られた遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス（参照）データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースです。
BodyParts 3D http://lifesciencedb.jp/bp3d/
名前のとおり、身体のパーツを３D画像で表示できます。解剖学の勉強にもなります。

ダメ出しはまぁ、言いたい放題ですね…(^_^;)
改善案はやっぱりよくよく考えないといけないので、頭使って糖分補給しながらも楽しいお仕事です。

良いサイトになればいいなぁ…
実際に変更が公開されるのは先なので、じっくりしっかりやっていきます。

2011年10月14日金曜日

MacBook Pro のメモリを増設してみた

ついに今日iPhone 4Sが発売されますね！
僕は予約組なので並んではいませんが、友人は昼頃からアップルストア銀座に並びに行きました。

さて今回はiPhoneの話ではなく、MacBook Proについてです。
普段僕はMacBook Pro 15 を使っており、4GBのメモリで動かしていました。
最初は良かったんですが、時間が経つにつれモッサリ感が…。データの整理等したのですが、やはりAdobe CSの一連のアプリケーションに加えてVirtualboxでWindowsを立ち上げようものならモッサリどころじゃないです。
そこでメインメモリを増設することにしました。

MacBook Pro	2.4 GHz Intel Core i5 (Mid 2010)
メモリ	Buffalo D3N1066-4GX2/E

メモリの交換方法はAppleのサイトにあります。
MacBook Pro：メモリの取り外し方法と取り付け方法

結果、かなりよくなりました！
iPhoto + Photoshop + Illustrator + Windows 7 on Virtualbox でも余裕で動きました。
この速度はちょっと感動ですね。

参考までに途中の写真をあげておきます。

2011年10月13日木曜日

Bloggerデザインテンプレート追加されましたね

しばらくブログから遠ざかっていたのでいつアップデートされたか定かではないのですが、
Bloggerで利用できるテンプレートデザインが追加されましたね。

最近流行りのタイル状のデザインも簡単に実現できます。
このブログでも「動的ビュー」を試しています。

タイトル下に表れるバーからお好きな表示方法を選択してみてください。
このブログは写真を多用していないので、タイル状のデザインはあまりオススメできませんが…。

10月14日午前1時15分追記
すみません…、どうにも動的ビューが気持ち悪い部分があって普通のデザインに戻しました。少し気分を変えるために赤を基調としました。また変えるかもしれませんが…。

2011年9月5日月曜日

OSX Lionを32ビットで起動、WiMAXが動いた

Lionに変えてから、トラックパッドの操作などいくつか馴れない点もありましたが、WiMAX（Aterm WM3300R）がUSB接続した状態で使えなくなった（WiMAXアプリケーション WiMAX Connection Utilityが起動しなくなった）のが一番の問題でした。

いつかLionに対応するかと思いきや、全然対応しない…。
Lionが出たばかりのころはネットでも「ダメ」「動かない」等の記述を見つけましたので、半ば諦めていたのですが、時間もたって知識が蓄積されたのか解決策が見つかりました。

Lionはデフォルトでは64ビットで起動するのですが、それを32ビットにしてやればWiMAX Connection Utilityが立ち上がりました。

方法は以下の通りです（Snow Leopard向けの情報ですが、Lionでも同じです）。

Mac OS X v10.6：32 ビットまたは 64 ビットカーネルで起動する

方法 1：起動時のキーの組み合わせ (その起動のみ)

Mac がデフォルトで 32 ビットカーネルを使っていても、64 ビットカーネルをサポートしている場合、起動中に 6 および 4 キーを押し続けることで、64 ビットカーネルで起動することができます。

Mac がデフォルトで 64 ビットカーネルを使っている場合、起動中に 3 および 2 キーを押し続けることで、32 ビットカーネルで起動することができます。

再起動すると、Mac はデフォルトのカーネルに戻ります。

方法 2：ディスク上での設定 (永続的)

現在の起動ディスクで 64 ビットカーネルを選択するには、「ターミナル」で次のコマンドを使います。

sudo systemsetup -setkernelbootarchitecture x86_64

現在の起動ディスクで 32 ビットカーネルを選択するには、「ターミナル」で次のコマンドを使います。

sudo systemsetup -setkernelbootarchitecture i386

上記のターミナルコマンドを入力すると（設定されていれば）パスワードを聞かれます。ターミナル上のテキストカーソルは動きませんが、そのままパスワードを入力してEnterすれば問題なく設定されます。

※同様の方法でLionで起動しなくなったアプリケーションも起動できるかもしれません。私が使っているカメラ（Sony NEX-5）のファームアップデータ（FirmwareUpdater.app）も32ビットにすることで起動しました。

2011年8月21日日曜日

カレンダーと併せて使えるToDoアプリ "iProcrastinate"

ToDoアプリは数多くあります。Mac App Storeで検索しただけでもずらずらと出てくるでしょう。
私は基本的にはGoogleカレンダーでToDo管理していたのですが、仕事上の様々なカレンダーが既に書きこまれており、日々の個人的なToDoまでそこに書きこむとゴチャゴチャして不明瞭になるだけでした。
そこで目的を分けることにしました。

Googleカレンダーでは他の人と共有している仕事上のToDo
ToDo専用アプリでは個人で完結するプライベートなToDo
（可能な限り、フリーで…）

ToDo専用アプリをいくつか試したので、その中で良かったものを紹介します。
結論から書くと、私はiProcrastinateというアプリを採用することにしました。
以下にiProcrastinateとその他試したアプリの感想を書きます。

2011年7月5日火曜日

【牧場作業ログ】MEGAの説明動画、完成です！

やっとMEGAの説明動画が出来ました。
http://togotv.dbcls.jp/20110705.html

MEGAは分子進化や配列解析などに使える、フリーのソフトウェアです。私の所属研究室や周辺でよく使われているのもあって、今回作ることとなりました。
上記の動画はインストールから始める、初歩的な内容となっていますが、MEGAは他にもできることがありますのでどんどん使ってみてください！

2011年6月27日月曜日

【牧場作業ログ】MEGA動画、あと一歩

MEGAの使い方を説明する動画、あと一歩で完成です。
テロップ入れも終わったので、次回にサーバへアップロードします。

結構時間がかかってしまいましたが、これで学生実習にもかなり役立ちそうです！

2011年6月23日木曜日

牧場作業ログ

久しぶりの出勤。
前回から引き続きMEGAソフトウェアの動画作りでした。

動画を録画するときに、変な動作（マウスがブレるとか、違うとこクリックしてしまうとか）をしないようにするのがけっこう神経使いますね…。
良い流れの動画を録るために何回か撮影を繰り返しました。

動画部分は撮影したので、あとはテロップを追加すれば完成です！
次回にはアップロードできるかな。

2011年6月6日月曜日

Quicksilver 自己中TIPS

Quicksilver、素敵ですよね。
基本的な使い方は色んなブログで扱われています。

わかばマークのMacの備忘録
http://wakabamac.blog95.fc2.com/blog-entry-352.html

ここでは自分のための備忘録として、TIPSを羅列します。

Finderで選択項目をQuicksilverに渡すためのショートカットキー
Command（⌘） + esc

随時追加予定です。

2011年5月27日金曜日

アドレスバーからGoogle Scholarで一発検索する

PubMedが医学生化学を重視しているので、生態学のジャーナルがないことがあります。
そんなときにはGoogle Scholarをよく使います。

しかし、その都度Google Scholarのサイトに行って検索語句を入力するのは面倒です。
そこで一手間省くために、ブラウザのアドレスバーから一発でGoogle Scholar検索することができます。

Firefox と Chrome での設定を紹介します。

Firefox 4の場合

Google Scholarのサイトを訪れます
検索窓で右クリック
「この検索にキーワードを設定」を選択
任意に「キーワード」を入力（今回は"gs"としました）
通常のブックマークと同じように保存
これでアドレスバーに「gs 検索語」と入力すれば一発でGoogle Scholar検索が可能です

Chrome 12の場合

環境設定＞基本設定＞検索にある、「検索エンジンの管理」を開く
「その他の検索エンジン」の一番下に新しく設定できる欄があります

「新しい検索エンジンを追加」→任意（今回は"Google Scholar"）
「キーワード」→任意（今回は"gs"）
「検索キーワードの代わりに云々」→ http://scholar.google.com/scholar?hl=ja&q=%s

これでアドレスバーに「gs 検索語」と入力すれば一発でGoogle Scholar検索が可能です

もちろん、この方法を用いれば、どんな検索エンジンでも追加することができます。
お好みに合わせて設定してみてください。

2011年5月10日火曜日

MEGA (molecular evolutionary genetics analysis)

現在、MEGAというソフトウェアの説明動画をつくっています。
配列解析、分子系統解析をするソフトウェアは有名・無名さまざまに存在します。
ウェブ上で動作するものもありますよね。

うちのラボでは歴史的にMEGAを使っていたので、その関係もあって僕が作っています。
でも普段はMEGAの能力の半分も使っていません…。
今回の制作にあたって調べてみると細かいことも含めて、けっこう色々便利な使い方があるようです。

まだまだリサーチが終わっていませんが、また制作できたらこのブログでもお知らせさせていただきます。

2011年4月21日木曜日

英辞郎で一気に後ろのページに飛ぶ

かなりちょっとしたTIPSです。

英語論文のお供としてよく使うのが
英辞郎
です。

豊富な語彙はもちろん、文章を検索しても結果が出てくるのがとても素敵です。
日本語で同じような言い回しでも、ちょっとずつニュアンスの違う英文が検索できます。
例えば、「やってみる」など口語的な表現でも英辞郎で検索すると
"やってみる"の検索結果
と、色んな言い回しが参照できます。

ただ、たまにごく一般的な単語の文章中での使われ方を知りたい時に検索すると、まず単語から先にリストされていくので文章の検索結果はかなり後のページになってきます。
例えば、「study」と検索すると、
"study"の検索結果
60ページまで飛ばないと文章中での使われ方が出てきません。
ページ移動は検索結果の右上にあるページ番号をクリックすればできるのですが、
一度に9ページ分しか表示されません。
60ページに飛ぶためにいちいちページ内にあるリンクをクリックするのはとても面倒です。

そんなときにはURLに注目してください。

http://eow.alc.co.jp/study/UTF-8/?pg=60

となっています。これは、構造としては、

http://eow.alc.co.jp/調べている語/UTF-8/?pg=ページ番号

となっています。
つまり、「60」という数字が現在60ページであることを示しています。
ここ数字を手入力で変えれば、そのページにすぐ移動できます。

もちろん自分が知りたい情報がどこのページにあるかは調べてみないと分かりませんが、
大雑把にでも移動したいときには便利です。

2011年4月19日火曜日

Sony NEX-5 をiPhotoと併用時にSDカードに変なファイルが残る

なんてことない話ですが、ちょっと調べても出てこなかったのでメモっておきます。

普段Sony NEX-5を愛用していますが、iPhotoで静止画・動画を取り込んだ後に写真を削除し、再度NEX-5で再生してみると、
動画の項目に
「表示できないファイル形式です」
的なメッセージが出てきます。
サムネイルに「？」マークがついており、どうやらiPhotoに取り込んだ後に管理ファイルが更新されていない模様。

ひとつひとつ削除してもいいのですが、

メニュー＞セットアップ＞管理ファイル修復

を行うと一度にそうした変なファイルが修復されます。
（一応バックアップをしてからのほうがいいかと思います。）
もしお悩みの方がいれば是非試してみてください。

しかしなんでそういうファイルらしきものが残るんでしょうね…？

統合牧場ログ

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）で昨年度末からRAを始めています。
いわゆる統合牧場と呼ばれているところです。

主に統合TVという番組を作っています。

統合TV

統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。

今後このブログでも同牧場での活動をメモっていこうと思います。

2011年4月11日月曜日

Mac内部で鳴ってる音を録音する [Soundflower, Audacity]

ちょっとした必要に迫られ、「内部で鳴ってる音をどうやって録るんだ？」と思って調べました。
内部で鳴ってる音というのは、内蔵スピーカーなどから出力されている音、ということです。
簡単に説明すると、

Soundflowerを利用し、内部音声をSoundflowerの出力に渡す
AudacityでSoundFlowerからの出力を録音する
（オプション）音を調整

という手順を踏みます。
では順番に説明します。

Soundflower入手、インストール
ここでは1.5.2を使用しています。
Soundflower - Cycling 74 http://cycling74.com/products/soundflower/
Soundflower設定

インストール後、アプリケーションフォルダに作られるSoundflowerフォルダにある、Soundflowerbed.appを起動します。
右上にSoundflowerのアイコンが出てくるはずです。
Soundflower (2ch)のチェックマークをBuilt-in Outputにします。
これは必須の設定ではないようですが、こうすることで、Soundflowerに入った内部音声を再び通常のスピーカーやヘッドフォンでも聞きながら作業できます。16chの設定は（少なくとも今回は）不要です。

サウンド設定（システム環境設定）
「出力」の項目で「Soundflower (2ch)」を選択します。これで内部で鳴る音はすべてSoundflowerに渡されます。
Audacity入手、インストール
http://audacity.sourceforge.net/
なお、ここではAudacity 1.3 Betaを使用しています。安定版の1.2を一度インストールしてみましたが、私の環境では正常に動作しませんでした…。1.3 Betaは問題ありませんでした。
Audacity設定
環境設定の「デバイス」項目で次のように設定します。
1. 「インタフェース」を「Core Audio」に
2. 「再生」を「Built-in Output」に
3. 「録音」の「デバイス」を「Soundflower (2ch)」に
これでSoundflowerから出力される音をAudacityで録音できるようになりました。
録音
Audacityの左上の赤い丸をクリックすれば録音が始まります。後はMacで録音したい音を出すだけです。
（オプション）音を調整
Audacityは音のカットやノイズ除去、ノーマライズなど、ひと通りの編集が可能です。ここでは詳細は説明しませんが、お好きなように編集してください。
なお、ノイズ除去に関しては、私の用いた音源ではAudacityよりもAdobe Soundbooth CS4のほうが優秀でした。さすが有償アプリケーション、といったところでしょうか。
書き出し
Audacityで録音・編集しただけでは通常のオーディオプレーヤーで聞けるような形式にはなっていませんので、必要なファイル形式に書き出します。
メニューから「書き出し」を選択して、好きな形式を選びます。
なお、AudacityだけではMP3やAACに書き出しできませんので、MP3にしたいときはAudacityにプラグインとして「Lame MP3 エンコーダー」を入れることになります。エンコーダーは上記Audacityのサイトにあります。
私はAACを普段利用していますので、簡単にAIFFで書き出し（これはデフォルトでできます）た後にiTunesでAACに変換しました。

以上です。

2011年4月4日月曜日

[Mac] Excel で改行したい

今日もTIPSです。

MacでOffice 2011を使っています。
Excel使用時、長文を書いているとセル内で改行したいときありませんか？
そんなときは

Option + Command (⌘) + Enter

です。
ちなみにWindowsの場合は
Alt + Enter
ですね。

2011年4月2日土曜日

[Mac] Finderのカラム表示幅を設定する

ちょいネタです。
Finderでファイル名が ... と省略されないようにカラム幅を自動的に設定する方法です。
なお、こちらのサイトを参考にさせていただきました。
Mac Finderの「カラム」をファイル名が途切れない幅に自動調整する方法 http://t.co/KLHcylM via @inforatijp
ありがとうございます。

さて、方法ですが、

カラムのスケールバー最下部にある「||」マークをダブルクリック
同じく「||」マークを右クリックすると

このカラムのサイズを調整
すべてのカラムのサイズを個別に設定
すべてのカラムを同じサイズに設定
という３つの設定が選べます。

個人的には、「すべてのカラムのサイズを個別に設定」を常にデフォルトとして使用したいのですが、それは少し調べたところではできなさそうです…。何か方法あるのかな。

2011年3月2日水曜日

Photoshop で複数画像を一括処理する

何十枚もの画像を一括して同じ処理をしたいときありますよね。
そういう処理がPhotoshop CS5で可能です（下位バージョンの状況は知りません）。

基本的には「アクション」と「バッチ」という機能を使います。それぞれの説明をAdobeサイトから引用すると、

アクションとは、Photoshop での一連の作業を記憶しておいて、必要な時に再利用できるようにする機能です

バッチとは、複数のファイルを一括して処理する機能です

ということで、これを組み合わせればどのような処理も一括して行えることになります。
例えば、私の場合ですと撮影した画像を別目的で使いたい場合にファイルサイズ削減のために以下のような処理を行いました。
アクションの設定：

画像解像度を72に下げる
JPEG→GIF変換して特定フォルダに書き出し
閉じる

次にこれを１つのアクションとして、「自動処理」すれば簡単です。
詳細な使い方はAdobeサポートサイトをご覧ください。

アクションとはどのような機能ですか（Photoshop CS5）
http://kb2.adobe.com/jp/cps/000/39.html

ファイルのバッチ処理機能はありますか（Photoshop / Photoshop Elements）
http://kb2.adobe.com/jp/cps/428/4280.html

嬉しいのは、「保存」や「閉じる」も動作に含めることができるので、最初に書き出し用のフォルダなどを自分で設定すれば後は自動処理でどんどん画像ファイルが蓄積されることですね。

2011年3月1日火曜日

[Mac] 拡張子のデフォルトのアプリケーションを変更する

Macで特定の拡張子を開くアプリケーションを一括して変更する方法です。

ちなみにファイルを右クリックで「このアプリケーションで開く」から一括の設定はできないみたいです。これで設定できるのはあくまでそのファイルに限ったもののようです。

さて、一括変更の方法ですが、
開きたい拡張子の付いたファイルを右クリックして「情報を見る」と、
「このアプリケーションで開く」という項目があります。
これを変更すると「類似したすべての書類を開くときにこのアプリケーションを使用します。」というアラートが出ます。
構わず「すべて変更」をクリック。
以上です。

2011年2月24日木曜日

[Mac] VirtualBox でHDD容量を増やす

普段はMacユーザですが、仕事の都合上やはりWindowsも使います。
よくBootCampやParalles、VMなどが使われていると思いますが、私は節約のために無料のVirtualBoxを使っています。
しばらく使っていると容量が足りなくなってきました。そこでHDD容量を増やそうとしたのですが、VirtualBoxのデフォルトでは簡単に増やせません。
色々調べた結果、面倒ですが以下の方法で増やしました。
参考にさせていただいたのは、
VirtualBox HDDのサイズ変更 « FullHouse Note
です。感謝いたします。
なお、以下の方法は自己責任でお願いいたします。

仮想ディスクの「設定＞ストレージ」にて、SATAコントローラの＋マークをクリックして仮想HDDを新規に作成します。
（なお、図中の「VB-Win7.vdi」は私の環境での仮想ディスク名です）
CloneZillaのダウンロード
ここからダウンロード http://clonezilla.org/downloads.php

ちなみに私は clonezilla-live-1.2.6-59-i486.iso をダウンロードしました。各自の環境に適したバージョンをダウンロードしてください。
仮想ディスクの「設定＞ストレージ」のIDEコントローラで「CD/DVDデバイスの追加」を選択して、CloneZillaのisoファイルを読み込み
（オプション）CD/DVDの起動順序を優先にする
デフォルトではフロッピー、CD/DVD-ROM、ハードディスクの順にチェックが入っているかもしれません。それで問題はありません。
一応フロッピーは今回は何でもいいのですが、CD/DVDがハードディスクより先に起動されることを確認して下さい。
すると、CloneZillaが立ち上がるはずです。
以下のとおり設定を続けます。

「Clonezilla live (Default settings, VGA 800x600)」を選択
「日本語」を選択
「Configuring console-data」で「キーマップをいじらない」を選択
「CloneZillaを開始します」で「Start 〜」を選択
「device-device」を選択
「Expert」を選択
「disk_to_local_disk」
コピー元のディスクを選択
何度か本当に実行していいか、ということを聞かれますが「y」あるのみ
しばらく待つとコピーが終わります。その後仮想マシンを一度Power Offします。

Gpartedをダウンロード→isoファイルを仮想ディスクに読み込み
ダウンロードはここから http://gparted.sourceforge.net/download.php
isoファイルの設定は項目３と同じです。
Gpartedの設定

最初の画面ではそのままEnter

「Don't touch keymap」
言語選択では「15」と入力しEnter
mode選択では「0」
Gpartedが立ち上がります

以上で終わりです。仮想マシンを再起動して、容量が増えているか確認して下さい。

2011年2月18日金曜日

Macで綺麗な統計グラフを描く MjoGraph

統計データを美麗にグラフ化したい。
そう思って色々試していました。

まず前提として、

Microsoft Excelでデータまとめ、解析
Excelのグラフでは印刷に耐えないのでベクターデータ（EPSなど）でプロットしたい

ということで始めました。
まず最初の選擇肢、Adobe Illustrator CS5を使おうとするも、統計につきものの「エラーバー」が設定できません。
そこでフリーのアプリケーションを探しました。
参考にしたのは下記のページです。
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?%E6%8F%8F%E7%94%BB%E3%83%BB%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB
まず試したのは、

Plot http://plot.micw.eu/
Macにデフォルトで入っている Grapher

PlotはEPSデータも出力できるようで、いいなと思ったのですが、
いまひとつ直感的な操作ができず、マニュアルを求めるも英語サイトしかなく詳細な使い方を理解するのに時間がかかる…。
Grapherはエラーバーが設定できない？ようです。日本語で使いやすそうなのに非常に残念…。
基本的にはどちらも「数式」のグラフ化に重点を置いているようです。統計データのような散布図には向いていないですね…。（もちろんGrapherで簡単な散布図は作れます）

ということでまた別のツールを試しました。

MjoGraph http://www.ochiailab.dnj.ynu.ac.jp/mjograph/

こちらもEPS出力可。
しかも日本語サイト！いいですね〜ｗ（マニュアルは英語ですが、使い方は簡単です）
とにかく使ってみようと試したところ、だいたい直感的に使えたのでこれを採用することにしました。
私の目的としては、X軸にもY軸にもエラーバーをつけた定数値のプロットを作りたかったのですが、以下の要領で作成することができました。

統計データをCSVデータにする

ここでX軸の名前などは入れられないようです。値のみです。
CSVのフォーマットは、１行につき１点を指定します。
値の並びは以下のとおりです。
http://www.ochiailab.dnj.ynu.ac.jp/mjograph/manual/Site/DataFileFormat.html
このマニュアルの画像を見るだけで使い方が簡単にわかると思います。
（ちなみに私の環境ではカンマ区切りでデータ入力すると、１行５値まで読み込めましたが６値は正常に表示されませんでした。タブ区切りですと６値でも問題ありませんでした。）
なお、各要素はすべての点について同じだけ揃えなければならないようです。
つまり、１点目ではXもYも誤差範囲を指定したが、２点目はXだけ、というのは無理なようです。（まぁそういうケースはほとんどないでしょうね）

MjoGraphに作成したCSVファイルをドラッグアンドドロップ（右側のエリアにドロップします。）
http://www.ochiailab.dnj.ynu.ac.jp/mjograph/manual/Site/QuickStart.html
軸項目名やプロットの色など、色々設定出来ます。テキストや線描も入れられます。お好みでどうぞ。
出力はメニューの Tools > Export から。eps と png を選択できます。
私の場合はベクターで使いたいので eps ですね。

以上でベクターデータのグラフが出力されます。
さらに細かいビジュアルの変更は Illsutrator で行いました。

mjograph、フリーでありながらかなり使えるグラフ描画ソフトですね。
作者の方に感謝です。

＜2014年9月20日追記＞
長らくmjographを使ってなかったのですが、久しぶりに使おうとするとアップグレードの通知が。何の気なしにアップグレードしてみたら、起動しない…。ファイルが壊れているとエラーが出ました。旧バージョンに戻しても同じ状況。どうしたものかと調べてみたところ、解決策はダウンロードしたzipファイルを「StuffIt Expander」で解凍すること。デフォルトのアーカイブユーティリティでは何故かうまく解凍できないようです。現在はOSX Marvericksでmjograph v4.6.1が使用できています。

2011年2月17日木曜日

Mac Firefox で複数のプロファイルを共存させる

普段Firefox3をメインでつかっています。
しかしFirefox4もベータ版が11まで出た（2011年2月17日現在）ので、
使ってみたいと思ったのですがそこで問題なのが
プロファイルの切り替え。

3のプロファイルだとアドオンやらが不適合で起動する度にインストールやらなんやら。
まるで実用的ではないので、プロファイルの共存方法を探っていました。

調べてみると基本的な方法は、

Firefox4betaを入手、インストール
http://mozilla.jp/firefox/beta/
（インストールの際には、先に元々のFirefox.appをリネーム（例えばFirefox3.app）し、同じアプリケーションフォルダにFirefox4betaをインストール。その時点では、4betaのほうが、Firefox.appになっているので、仮に"Firefox4b.app"とリネーム。元々のFirefox3のファイル名をFirefox.appに戻せばOKです。）
Teriminalから
/Applications/Firefox.app/Contents/MacOS/firefox-bin -ProfileManager
プロファイルマネージャーを起動
新規プロファイルを作成（名前はお好きに。仮にFirefox4とします。）
Teriminalから
/Applications/Firefox4b.app/Contents/MacOS/firefox-bin -P "Firefox4"
これでFirefox4が3で使っていたデフォルトのプロファイルとは別のプロファイルで起動します。

しかし、これを３と４を切り替えたい度に入力するのは面倒…。

現実的なもうひとつの方法は、上記のステップ３で新規プロファイルを作成した際に、
「今後このプロファイルを使用する」
のチェックを外しておくと、Firefoxを起動するたびに、どのプロファイルを使用するか聞かれます。最終的に私はこの方法で起動しています。

以下は採用しませんでしたが、調べると、上記ステップ４のコマンドをアプリ化する方法があるようです。

MacでFirefox共存一発起動（まいう〜の鮹語録）
http://mai-u.x0.com/tako/archives/2008/04/macfirefox.html
（1.5と2.0の共存方法です）

ただ結論としてはいまひとつ。。。

「Firefox本体とは別のアプリケーションになるから、起動時とアプリケーション切替時で別のアイコンをクリックする羽目になるんですね。ちょっと混乱。」

えーいまどろっこしい！と思って情報探してると以下のサイトが。

Mac Explorer｜MultiFirefox - 複数のバージョン・設定のFirefoxを共存・同時起動

というのがあるようです。

私は結局MultiFirefoxも使用せず、毎回プロファイルマネージャーで選択するようにしました。
いままでより一手間多くなってしまいますが…。
Quicksilverで一発プロファイル切り替え起動、みたなのできないかな。

一応QuicksilverでもFirefox３と４の見分けがすぐにできたほうがいいので、
アイコンも変えました。

2011年2月14日月曜日

Facebook

使い始めました。
しかし、どうにも慣れない…。

Twitterに慣れてしまうと、
「友達かもしれません」とか、
見つけたいときに見つけるし、という気分。
TLに内輪だけで楽しむような、
（だいたいにおいて不要な）情報が多くなって特にいつも見ていたいという気にもならない。
メアドだけでつながっているような、
微妙に疎遠な人たちも候補に出てきて微妙な気分にもなる。

実名主義はそれはそれで価値はあるんやろうけど、
小学校であったような「みんなと友達になりましょう」的な
雰囲気がなれない。

そんなこんなも、時間が経てば慣れるんだろうけど。

2011年2月7日月曜日

t検定

論文執筆に統計学が必要になったので付け焼き刃で勉強。

色々調べていると、
「同一個体の2種類の観測値を比較検討」
私のための統計処理ー検定ー２群の比較
というのが今回の僕の条件に合う。

とりあえず計算してみたものの英語でどう書くのかよく分からない。
先日つくったコーパスで色々使用例を調べてみる。
t検定： t-test/t-test/t-Test など
p値： p-value/p-value/P-value など
一応統一して t-test, p-value としました。

他にも関連英語表現
「スコアはP<0.05で有意さを検定した。」
The scores were considered significant at P < 0.05.
Figure中に入れる簡略的な表現
Bars are ± SD; *P < 0.05; N.S. = Not significant.

かなり備忘録的になりましたね…。

2011年1月27日木曜日

Macでサイト全部ダウンロード

必要に迫られて、あるサイトを一括してダウンロードしました。

そのときに検索して調べたところ
SiteSucker
が便利そうでした。
フリーです（Donation）。

パスをローカルに書き換えてくれるのでナイスです。

[Mac] 論文コーパス作成 CasualConc

（※一部、自分の理解不足があったため追記あり）

論文を書いてます。

ものの本に「concordance software（コンコーダンサー）」を用いて自身のコーパスを作れと書いてあった。
コーパスというのは専門分野における自分で作る文章データベースみたいなもの（かな）。

ということでMac用を検索してみたら次のがヒット。
CasualConc
http://sites.google.com/site/casualconcj/
2011年1月現在、beta版があって日本語化されているようなのでそちらをダウンロード。
2013年11月現在、β 1.9.7 があり、OSX Mavericks で問題なく動作しています。

作者のコメントに「（研究に使用してもらってもかまいませんが、検索結果に責任を持てない、ということです。自分では使ってますが。）」旨書いてました。
~~とりあえず研究初動のコーパス作成が目的なので使ってみます。~~
ここでの「研究に使用」というのは言語学の方々の研究で頻度分析をする、などの話でした。私が使うような専門分野の論文コーパスとしての使用はごくごく簡単な使用方法なのでこれには当たらないです。

〜試用後追記〜
とても素晴らしいアプリケーションです。
ダウンロードした論文PDFからテキストを抽出（Adobe Acrobat Proを使用しました。なお製作者のサイトにPDFや様々なファイル形式からのテキスト抽出ソフト CasualTextractor もあります。本当に素晴らしい。）しなくてはならず、コピペ後に余分な改行の削除など割りと労力が要った（実は後で気づいたのですが CasualConc 側で改行を文末としないという設定ができたので不要でした）のですが、それができてしまえば論文執筆に必須のセルフコーパスができました。
おかげで執筆途中の文面がかなり改善されました。
制作者の方に感謝です！

ひとつ注意点をあげるとすれば、名詞の複数形、動詞の過去形など、それも一緒にピックアップできればなお良いですね。
例えば、animals は animal で検索しても表示されません。（設定次第では可能？）
どのような動詞の活用形が正しいか調べたくてもひとつひとつ入力してみるしかないですね。
コンコーダンサーとしてこのような仕様が適切かどうかは別として、機能的に含まれれば…最高です。

＜2014年11月12日追記＞ animalsをanimalで検索できるようでした。私の調査不足です、作成者の方ごめんなさい。
この機能のことをLemmaと言うらしいです。
https://sites.google.com/site/casualconcj/tsukaikata/lemma
ただし、2014年11月12日現在、Yosemiteで動作する Version 1.9.8 では上記説明のような「Lemmaファイルを選択する」画面が出てこないですね…また私が何か見落としているのかもしれませんが。

登録: 投稿 (Atom)